Время запуска генератора HSE между микросхемами и даже в рамках одной микросхемы с внешним кварцем может варьироваться от:
- технологических разбросов параметров схемы (слабая зависимость);
- отличий самих внешних кварцев (сильная зависимость);
- отличий внешних шунтирующий емкостей (средняя зависимость, если выбраны верно, и сильная зависимость, если выбраны не верно)
- отличия в разводке и подводке между HSE0 и 1 (слабая зависимость).

Для диагностирования причины незапуска или медленного старта резонатора/генератора, нужно проверить сигналы на входе и выходе генератора, так как возможны дефекты монтажа.

Проверка функционирования блока внутреннего генератора HSE.
1. Вывод проверяемого генератора HSEx_IN настроить в режим цифрового выхода (функция порта).
2. Включить блок HSE в режиме Bypass.
3. Переключать программно вывод из низкого логического уровня в высокий.  
4. Ожидать выставление флага HSE_READY. 
Если после порядка 2000 импульсов флаг HSE_RDY установится, следовательно, скорее всего, генератор HSE функционирует корректно, и проблему необходимо искать во внешнем источнике частоты на плате.